Herrera brilló en el Athletic Club durante tres temporadas, en las que disputó 128 partidos y anotó 11 goles. Fue subcampeón de Europa League y Copa en la 2011-12, y dejó al equipo clasificado para la Champions. Es la única vez que ha logrado el Athletic entrar en el torneo en el siglo XXI, en la temporada 2013-14 de la mano de Ernesto Valverde, con quien se reencuentra ahora.
 
Su imaginación con balón, su técnica y sentido táctico le llevaron a triunfar en el Manchester United, con el que disputó 189 encuentros participando entre goles y asistencias en medio centenar de dianas. Herrera ganó cuatro títulos: la FA Cup y Community Shield (2016), y la Europa League y la Copa de la Liga en 2017, año en que fue considerado por su afición mejor jugador de la temporada.
 
Posteriormente, en 2019, recaló en el Paris Saint-Germain, con el que ha disputado 95 encuentros. Ha ganado dos veces la Ligue 1 (2020 y 2022), otras dos la Copa (2020 y 2021), una Copa de la Liga (2020) y dos Supercopas (2019-2020 y 2020-21.). Además, fue subcampeón de la Champions League en 2020 tras perder la final contra el Bayern.